Филиппова пустынь основана св. игуменом Филиппом в середине XVI в. как место молитвенного уединения. На горке, с которой открывается живописная панорама монастыря, была построена келья игумена. В 1565 г., во время молитвы, явился св. Филиппу Спаситель в терновом венце, обагренный кровью. На этом месте появилась вода из земли, там ископали колодец и поставили часовню. В 1839 г. она была заменена на новую, которую спустя 17 лет превратили в храм, освященный в честь образа Богородицы Живоносный Источник. В храме хранилось деревянное резное изображение Господа Иисуса Христа, сидящего в темнице, которое, по преданию, собственноручно вырезал св. Филипп. В 1856 г. рядом с храмом были построены келейный корпус и часовня на месте кельи св. Филиппа. В часовне хранился камень, служивший подвижнику изголовьем во время отдыха. В XIX в. здесь жили подвижники Соловецкие схимонахи Герасим, Иоанн, монах Памфил. Во времена СЛОН в пустыни был организован Биосад для разведения животных, затем — Химлаборатория. В 1928 г. здесь работал свмч. архиепископ Иларион (Троицкий), в 1934-1936 гг. — ученый, философ, священник о. Павел (Флоренский). Сохранились келейный корпус и Святой колодец. На месте храма установлен поклонный крест.