Исааковская пустынь известна с XVII в. Здесь жили монахи и трудники, занятые на покосах и ловле озерной рыбы. В XVII веке в пустыни была сооружена часовня (ныне утраченная) во имя прп. Исаакия Далматского. Сохранились деревянный двухэтажный корпус для трудников (XIX в.), амбар валунный (XIX в.). Между озерами Исаковским и Большим Савватиевским расположены обширные сенокосные угодья. Живописный пейзаж с видом Секирной горы и Свято-Вознесенского скита запечатлел М.В. Нестеров на картине «Молчание» (1903 г.). В период Соловецкого лагеря особого назначения (СЛОН) здесь находились управление лесозаготовок и дорожная служба. На чердаке келейного корпуса содержались отказники от работ.